Díky velmi nízké perkutánní absorpci je riziko systémového toxického účinku minimální. Studie hodnotící systémovou toxicitu prokázaly, že akutní toxicita je velmi nízká. Toxické účinky byly závislé na opakovaném podávání a je prokázáno, že jsou způsobeny vlivem na biosyntézu steroidů. Tento vliv je ovšem znám u všech antimykotik imidazolové řady. Mutagenita ani teratogenita nebyly zaznamenány, stejně jako karcinogenní potenciál. Nebylo zjištěno, že by flutrimazol po místní aplikaci vyvolal senzibilizaci nebo fototoxicitu. Studie na kožní toleranci po opakované aplikaci a na oční toleranci u králíků při různých koncentracích flutrimazolu v gelu (2 a 4 %) neprokázaly signifikantní rozdíl mezi flutrimazolem a ostatními deriváty imidazolu.
Volně dostupný nekomerční projekt za účelem laického srovnání léčiv na úrovni interakcí, vedlejších účinků, stejně jako cen léčiv a jejich a alternativ