Chlorhexidin se z trávicího ústrojí špatně absorbuje. Celkový účinek je proto nepravděpodobný, může se však projevit po požití velkého množství léčivé látky. Hlavním důsledkem požití velkého množství chlorhexidinu je podráždění sliznice trávicího traktu. Může se objevit bolest břicha, nauzea, zvracení a průjem. V takovém případě je třeba zahájit symptomatickou léčbu.