Chlorhexidin je inkompatibilní s látkami aniontové povahy (např. natrium-lauryl-sulfát), při jejich současném používání může docházet ke snížení účinnosti chlorhexidinu (viz bod 4.4).
Chlorhexidin a nystatin nemají být používány současně, dochází k interakci a tvorbě chlorhexidinových komplexů s nystatinem, které jsou neúčinné.