Jako u všech bisfosfonátů je střevní resorpce kyseliny klodronové při perorálním užívání nízká (1-3 %). Z absorbovaného množství je 70 % vylučováno ledvinami. Většina zbývajícího množství je vázána na kostní tkáň. Pro vysokou afinitu k minerálu kostí působí kyselina klodronová selektivně na kostní tkáň. Látka se nemetabolizuje, ale je nezměněná vylučována močí. Když je koncentrace kyseliny klodronové stanovována po dostatečně dlouhém období, nalezneme několik poločasů, svědčících o jejím multikompartmentálním chování. Byly nalezeny tři poločasy: hod., 5-6 hod. a 10-16 hod. Na základě zjištěných poločasů a dlouhodobých pozorování se při doporučených denních dávkách neočekává žádná kumulace. Zvýšená úvodní dávka není nutná, neboť účinného léčení je možno dosáhnout perorálním užíváním a doporučených denních dávek. Pro nízkou absorpci kyseliny klodronové je silnější a rychlejší účinek dosahován počáteční intravenózní dávkou. Klinický účinek kyseliny klodronové závisí na koncentraci látky v místě působení, tj. v kostní tkáni. U pacientů s metastázami do kostí a s různým stupněm poškození ledvin je renální clearance kyseliny klodronové závislá na funkci ledvin. U pacientů s clearance kreatininu mezi 10 až 50 ml/min je nutno snížit dávkování. Poločas kyseliny klodronové v kostech závisí na rychlosti změn v kostní tkáni. Když je léčivá látka vázaná na kostní tkáň uvolňována během resorpce z kosti, místně působící koncentrace vzrůstají v místě osteolýzy a to má přímý inhibiční účinek na osteoklast a jiné buňky resorbující kosti.
Biologická dostupnost Medián biologické dostupnosti kyseliny klodronové ve formě tablet je přibližně 3 až 7,5 %.