Současné užívání jiných bisfosfonátů je kontraindikováno.
Vzhledem k tomu, že kyselina klodronová tvoří špatně rozpustné komplexy s dvojmocnými kationty, je absorpce perorálně podané kyseliny klodronové snížena potravou s vysokým obsahem vápníku, jako je např. mléko a mléčné výrobky a všechny přípravky obsahující železo, vápník nebo hořčík (např. antacida).
Účinek kyseliny klodronové na snižování koncentrace vápníku v krvi může být zesílen podáním aminoglykosidů (a to jak současném, tak s odstupem jednoho až několika týdnů). V ojedinělých případech byla zaznamenána závažná hypokalcemie. Pozornost má být také věnována možnému simultánnímu výskytu hypomagnesemie.
V případě současného podání kyseliny klodronové a NSAID, nejčastěji diklofenaku, byla hlášena renální dysfunkce.
Při současném podání estramustin-fosfátu s kyselinou klodronovou bylo hlášeno zvýšení sérových koncentrací estramustin-fosfátu až o 80 %.