Subchronická a chronická toxicita Při i.v. dávkování déle než 4 týdny byly dávky 45 mg/kg (psi) a 80 mg/kg (potkani) stále v tolerovaných mezích. Kyselina klodronová vykazuje relativně malou toxicitu při denním perorálním podání. U psů byla dávka 40mg/kg chronicky (9 měsíců perorálního podání) v tolerovaném rozmezí. Při denním perorálním užívání v časovém období delším než 52 týdnů u potkanů se ukázala dávka mg/kg jako mezní v rámci tolerance. U selat (1 rok) byla denní dávka 300 mg/kg perorálně snášena bez známek toxicity. Při vyšším dávkování, v závislosti na druhu a způsobu užívání, se projevily změny mukózy a submukózy gastrointestinálního traktu a rovněž známky začínající jaterní parenchymatozní reakce spojené se zvýšenou aktivitou jaterních enzymů v séru. Poškození ledvin je spojeno se vzrůstem koncentrace BUN nebo výskytem proteinů v tubulech (jen při vysokých i.v. dávkách). V toxikologických studiích nebyly nalezeny významnější hematologické změny.
Kancerogenita a mutagenita Ve studiích provedených na potkanech a myších při použití dávek, které jsou již částečně toxické a vyvolávají výrazné změny kostní struktury (dávky do 200 mg/kg/den u potkanů a do 400 mg/kg/den u myší) nebyl prokázán jakýkoli onkogenní potenciál kyseliny klodronové. Nebyly zjištěny žádné mutagenní vlastnosti většího rozsahu kyseliny klodronové při zkouškách in vitro a in vivo.