Studie na potkanech probíhající 2 roky (perorální podání) prokázala, že baklofen není karcinogenní . Tato studie prokázala na dávce závislé zvýšení incidence ovariálních cyst a méně výrazné zvýšení incidence hypertrofie a/nebo hemoragie nadledvin. Klinický význam těchto nálezů není znám. In vivo a in vitro testy mutagenity neprokázaly žádný mutagenní efekt. Perorální baklofen ve vysokých dávkách zvyšuje u plodů potkanů výskyt omfalokél (pupečníková kýla). U myší nebyly zaznamenány žádné teratogenní účinky. U plodů potkanů, kterým byly podávány vysoké dávky perorálního baklofenu, byla pozorována zvýšená incidence neúplné osifikace sterna. Vysoké dávky perorálního baklofenu zvýšily u králičích plodů incidenci neosifikovaných jader falangů předních a zadních končetin.