Antacida snižují antibakteriální účinek sulfonamidů. Současné podávání nesteroidních antirevmatik a látek zvyšujících aciditu moči vede ke vzniku krystalurie. Paraaminobenzoová kyselina (PABA) nebo její deriváty antagonizují účinek sulfamethoxazolu. Současné užívání kotrimoxazolu a diuretik, a to zvláště thiazidových, zvyšuje u velmi starých pacientů riziko vzniku trombocytopenie. Kotrimoxazol může potencovat účinky antikoagulancií natolik, že mohou způsobit životu nebezpečné krvácení. Proto může být nutné snížení jejich dávkování. Současné užívání kotrimoxazolu zvyšuje účinek perorálních antidiabetik (derivátů sulfonylaryl-močoviny) a zvyšuje tak riziko hypoglykemie. Kotrimoxazol inhibuje metabolismus fenytoinu; u osob užívajících obě léčiva je poločas fenytoinu prodloužen o cca 39 % a clearance fenytoinu je snížena o cca 27 %. Kotrimoxazol vytěsňuje methotrexát z vazby na proteiny plazmy a zvyšuje tak koncentraci volného methotrexátu v séru. Současné podávání trimethoprimu se spironolaktonem může vést ke klinicky významné hyperkalemii. Vliv na výsledky laboratorních testů Trimethoprim může modifikovat výsledky stanovení koncentrace methotrexátu v séru při použití enzymatické metody, ale neovlivní výsledky při použití radioimunologické metody. Kotrimoxazol může zvýšit o cca 10% výsledky stanovení kreatininu Jaffého alkalickou pikrátovou metodou.
Volně dostupný nekomerční projekt za účelem laického srovnání léčiv na úrovni interakcí, vedlejších účinků, stejně jako cen léčiv a jejich a alternativ