Subchronická a chronická toxicita ibuprofenu v pokusech na zvířatech se projevila zejména v lézích a ulceracích gastrointestinálního traktu. Pokusy in vitro a in vivo neodhalily klinicky relevantní důkazy mutagenních účinků ibuprofenu. Ve studiích na potkanech a myších nebyly zjištěny důkazy karcinogenních účinků ibuprofenu. Ibuprofen vyvolal inhibici ovulace u králíků a poruchu implantace u různých zvířecích druhů (králík, potkan, myš). Experimentální studie prokázaly, že ibuprofen prochází placentou, po podání dávek toxických pro matku byl pozorován zvýšený počet malformací u potomků (ventrikulární defekt septa).