Hypersenzitivita na léčivou látku nebo na kteroukoli pomocnou látku. Flukloxacilin je penicilin a neměl by být podáván pacientům s předchozími případy přecitlivělosti na beta-laktamová antibiotika (peniciliny, cefalosporiny). Flukloxacilin je kontraindikován u pacientů s anamnézou žloutenky nebo jaterní dysfunkce spojené s tímto antibiotikem. Oční podání je kontraindikováno.