Trimethoprim a sulfamethoxazol podávané ve vyšších, než terapeutických dávkách potkanům způsobily rozštěp patra a jiné malformace plodu charakteristické pro antagonisty kyseliny listové. Těmto účinkům trimethoprimu lze zabránit suplementací kyseliny listové potravou. U králíků způsobily vysoké dávky trimethoprimu zvýšené ztráty plodu.
Dlouhodobé testy kancerogenity nebyly s kombinací trimethoprimu a sulfamethoxazolu prováděny. V Amesově testu bylo prokázáno, že trimethoprim nemá mutagenní účinky. V periferních leukocytech pacientů užívajících 320 mg trimethoprimu a 1600 mg sulfamethoxazolu denně po dobu 112 dnů nebyly detekovány žádné chromozomální aberace.