Studie na zvířatech prokázaly, že metotrexát zhoršuje fertilitu, je toxický pro embryo a plod a je teratogenní. Metotrexát je mutagenní v podmínkách in vivo a in vitro. Protože konvenční studie karcinogenity nebyly provedeny a údaje ze studií chronické toxicity u hlodavců jsou rozporuplné, není možné klasifikovat metotrexát, co se týče jeho karcinogenity u člověka.