Vdechovaný kyslík je absorbován v rámci výměny plynů, která je závislá na tlaku mezi alveoly a protékající kapilární krví. Kyslík (nejčastěji vázaný na hemoglobin) je systémovým oběhem transportován do všech tělesných tkání. Pouze velmi malé procento kyslíku v krvi se volně rozpustí v plazmě. Kyslík je nezbytnou složkou při výrobě energie v intermediárním metabolismu buněk – aerobní produkce ATP v mitochondriích. Prakticky všechen kyslík absorbovaný tělem je vydechován ve formě oxidu uhličitého, který se při tomto intermediárním postupu vytvoří.