Jsou-li použity mezinárodně přijaté standardní testy, nevyvolá systémově podaný aciklovir embryotoxické nebo teratogenní změny u králíků, potkanů nebo myší. Při použití nestandardních testů byly u potkanů pozorovány abnormality plodu, ale pouze v těch případech, kdy byly matkám podány vysoké subkutánní dávky, které měly toxický účinek. Klinická významnost těchto nálezů je nejistá. Při sledování celkové toxicity u potkanů byly popsány převážně reverzibilní nežádoucí účinky na spermatogenezi, ale pouze v dávkách, které při celkovém podání vysoce překročily terapeutické dávky. Dvougenerační studie u myší neodhalila žádný nežádoucí účinek perorálně podávaného acikloviru na fertilitu.