Po dermální aplikaci vykazuje 5-FU nízkou míru absorpce. Ve studii systémové absorpce lokálně aplikovaného přípravku Tolak mělo 8 z 21 pacientů nedetekovatelnou hladinu 5-FU (<1 ng/ml). U pacientů s měřitelnými koncentracemi 5-FU v plazmě byla nejvyšší hladina 5-FU obecně pozorována 1 hodinu po aplikaci dávky a nejvyšší zjištěná koncentrace se pohybovaly v rozmezí 1,1 až 7,4 ng/ml.
5-FU může být metabolizován katabolickou nebo anabolickou cestou, podobně jako je tomu u endogenního uracilu. Krokem, který limituje podíl metabolizace 5-FU, je jeho konverze na 5-dihydrofluorouracil účinkem enzymu DPD.