Po intravezikálním podání dosahuje séra pouze malá část mitomycinu. Maximální vrcholová plazmatická koncentrace 0,05 μg/ml byla naměřena 40 minut po intravezikální instilaci 40 mg mitomycinu. To je výrazně pod hladinou 0,4 μg/ml mitomycinu v séru, o níž je známo, že působí myelosupresivně. Není však možné zcela vyloučit systémové účinky.
Pro srovnání, po intravenózním podání 10 – 20 mg/m² mitomycinu byly naměřeny maximální plazmatické hladiny 0,4 – 3,2 μg/ml.
Distribuce
Biologický poločas je krátký, mezi 40 a 50 minutami. Sérová hladina klesá biexponenciálně, prudce během prvních 45 minut a posléze pomaleji. Po přibližně 3 hodinách jsou sérové hladiny obvykle pod hranicí detekce.
Biotransformace a eliminace
Hlavním místem metabolismu a eliminace po systémovém podání jsou játra. V souladu s tím byly vysoké koncentrace mitomycinu nalezeny ve žlučníku. Renální exkrece hraje v eliminaci jen menší roli.