Jsou možné myelotoxické interakce s jinými léčebnými modalitami toxickými pro kostní dřeň (zejména s jinými cytotoxickými léčivými přípravky, ozařováním).
Kombinace s vinka alkaloidy nebo bleomycinem může zvýšit plicní toxicitu.
U pacientů dostávajících současnou intravenózní léčbu mitomycinem a fluoruracilem nebo tamoxifenem bylo hlášeno zvýšené riziko hemolyticko-uremického syndromu.
V pokusech na zvířatech vedlo podávání pyridoxin-hydrochloridu (vitamínu B6) ke ztrátě účinku mitomycinu.
Ve spojení s léčbou mitomycinem se nemají podávat žádné injekce živých vakcín, protože to může způsobit zvýšené riziko infekce živou vakcínou.
Mitomycin může zvýšit kardiotoxicitu doxorubicinu.