Při intrakavernózním podání a běžném dávkování nejsou známé. Účinky kombinací alprostadilu s jinými přípravky na léčbu erektilní dysfunkce (např. sildenafil) nebo s jinými léky vyvolávajícími erekci (např. papaverin) nebyly studovány. Tyto přípravky nemají být používány v kombinaci s přípravkem Karon vzhledem k možnosti indukce prodloužené erekce.
Sympatomimetika mohou snížit účinek alprostadilu. Alprostadil může zvýšit účinky antihypertenziv, vazodilatancií, antikoagulancií a antiagregancií.