Výsledky in vitro a in vivo testů mutagenity ukazují, že používání acikloviru nevede u člověka ke genetickým změnám. Při systémovém podávání přípravku obsahujícího aciklovir v mezinárodních standardních testech na potkanech, králících a myších se neprokázala jeho embryotoxicita ani teratogenita. V nestandardních testech na potkanech byl pozorován výskyt fetálních abnormalit, ale pouze po podání tak vysokých subkutánních dávek, které byly toxické i pro samice. Klinický význam těchto zjištění je nejistý. V dlouhodobých studiích na potkanech a myších nebyl zjištěn kancerogenní účinek acikloviru.
U potkanů a psů byly popsány převážně reverzibilní nežádoucí účinky na spermatogenezi, související s celkovou toxicitou, avšak pouze při systémových dávkách acikloviru vysoce překračujících terapeuticky používané dávky. Ve dvougenerační studii na myších nebyl zjištěn žádný účinek perorálně podávaného acikloviru na fertilitu.