Akutní toxicita LD50 byla (v mg/kg tělesné hmotnosti):
i.v. i.p. s.c. Myš 489 1734 > Potkan 319 2218 / Pes 100 / / Morče / 737 / Potkani a myši umírali po letálních dávkách bezprostředně po podání s příznaky toxického ovlivnění centrálního nervového systému, psi umírali na selhání ledvin o několik dní později.
Toxicita po opakovaných dávkách U potkanů, kteří dostávali denně po 35 dní opakované perorální dávky od 375 do 3000 mg/kg tělesné hmotnosti, byla po dávkách od 1500 mg/kg tělesné hmotnosti pozorována lymfocytopenie a od dávek 750 mg/kg tělesné hmotnosti snížená hmotnost sleziny a thymu ve srovnání s kontrolní skupinou. Ve všech skupinách, kterým byl podáván vankomycin, se objevilo snížení hladin celkových proteinů, glukosy a cholesterolu v séru a histologicky
zjistitelné poruchy epitelu sliznice slepého střeva. Intravenózní dávky 25 mg/kg tělesné hmotnosti u psů a 50 mg/kg u opic i i.m. podání 50 mg/kg tělesné hmotnosti u koček vyvolalo jen lokální reakce v místě injekce. Vyšší dávky od 50 mg/kg tělesné hmotnosti i.v. u psů a 350 mg/kg tělesné hmotnosti i.p. u potkanů se ukázaly být nefrotoxické.
Mutagenní a kancerogenní potenciál Vankomycin byl pouze v omezené míře testován na mutagenní účinky. Dosavadní testy měly negativní výsledky.
Dlouhodobé studie u zvířat o kancerogenním potenciálu nejsou k dispozici.
Reprodukční toxicita Ve studiích teratogenity dostávali potkani až 200 mg/kg tělesné hmotnosti a králíci až mg/kg tělesné hmotnosti. Teratogenní účinky nebyly zjištěny. Studie na zvířatech o použití vankomycinu v průběhu perinatálního a postnatálního období a studie z hlediska účinků na fertilitu nejsou k dispozici.