Pokud žena ve fertilním věku chce otěhotnět nebo předpokládá otěhotnění, užívání zopiklonu musí být přerušeno.
Těhotenství Zopiklon přechází přes placentu. V těhotenství nesmí být užíván. Ve studiích na zvířatech nevykazoval zopiklon teratogenní účinky, zkušenosti s užíváním u těhotných a kojících žen jsou však omezené a nemohou prokázat jeho bezpečnost. Pokud je zopiklon užíván během posledního trimestru těhotenství nebo během porodu, může způsobit hypotermii, hypotenzi a útlum dýchání novorozence.
Kojení Zopiklon a jeho metabolity přecházejí do mateřského mléka. Metabolizmus novorozenců je pomalejší než u dospělých, a tlumivý účinek na CNS může být u nich více škodlivý. Zopiklon nesmí být během kojení užíván.