Akutní toxicita zopiklonu je nízká. LD50 po perorálním podání zopiklonu je přibližně 3 g/kg u myší a 800 mg/kg u potkanů. Ve studiích subchronické toxicity způsobily vysoké dávky retardaci růstu a ztrátu hmotnosti u potkanů. Reverzibilní hepatotoxické účinky byly prokázány při vysokých dávkách podávaných krysám a psům. U psů byla v některých studiích patrná anémie. Zvýšený výskyt rakoviny prsní žlázy u samic potkanů byl přičítán zvýšeným sérovým hladinám 17-beta-estradiolu. Zvýšený výskyt nádorů štítné žlázy u potkanů souvisel se zvýšenými sérovými hladinami TSH. U člověka neměl zopiklon na hormony štítné žlázy žádný vliv. Velmi vysoké dávky zopiklonu poškodily kvalitu spermií u potkanů. Zopiklon ve studiích na potkanech nepoškodil plod. U králíků neměl zopiklon na plodnost žádný negativní dopad. Dlouhodobé klinické studie (7,5 mg zopiklonu po dobu 84 dnů) neodhalily žádné změny v objemu ejakulátu, koncentraci spermií, pohyblivosti spermií ani v morfologii.