Vzhledem k riziku vývoje rezistentních kmenů je třeba se vyhnout prodloužení léčby, ani léčba nemá být často opakována. Celková doba léčby nemá přesáhnout 8 dnů.
Zamisept není indikován k léčbě očních infekcí způsobených gramnegativními bakteriemi (např. Neisseria gonorrhoeae, Pseudomonas aeruginosa) a Chlamydií trachomatis.
Během léčby oční infekce se nesmí používat kontaktní čočky.
Pediatrická populace Zamisept nemá být považován za profylaktickou léčbu konjunktivitidy u novorozenců.