Toxicita fenoxymethylpenicilinu je velmi nízká, terapeutická šířka je mimořádně velká. Podobně jako u jiných penicilinů jednorázové perorální užití několika dávek fenoxymethylpenicilinu nepůsobí akutně toxicky. Při perorální aplikaci není možno prakticky dosáhnout koncentrace, jež by mohla vyvolat neurotoxické symptomy. Při předávkování nejsou potřebná žádná zvláštní opatření mimo přerušení medikace. Fenoxymethylpenicilin se dá eliminovat hemodialýzou.