Po přibližně 10 a 13 kumulativních hodinách MAC expozice desfluranem během ontogeneze nebyl u potkanů a králíků pozorován teratogenní účinek. Po toxické expozici během březosti byla pozorována embryotoxicita, pravděpodobně v důsledku farmakologického účinku desfluranu na matku.
Publikované studie na zvířatech (včetně primátů) při dávkách vedoucích k lehké až středně silné anestezii prokazují, že použití anestetik během období rychlého růstu mozku nebo synaptogeneze vede ke ztrátě buněk ve vyvíjejícím se mozku, která může být spojena s dlouhotrvajícím kognitivními deficity. Klinický význam těchto neklinických nálezů není znám.