Ačkoli současné podávání inhibitorů dihydrofolátreduktázy hodnoceno, mohou takovéto přípravky vzájemně interferovat s metabolismem BH4. Při používání těchto léčivých přípravků se sapropterin-dihydrochloridem je doporučená opatrnost.
BH4 je kofaktorem syntetázy oxidu dusnatého. Opatrnost je doporučena během současného užití sapropterin-dihydrochloridu se všemi léčivými přípravky, které vyvolávají vazodilataci topických přípravkůdonorů oxidu dusnatého Opatrnost má být věnována předepisování sapropterin-dihydrochloridu pacientům, kteří jsou léčeni levodopou. Při současném podávání levodopy a sapropterinu pacientům s deficitem BH4 byly pozorovány případy konvulzí, exacerbace konvulzí, zvýšené excitability a iritability.