Při předávkování se může vyskytnout diarrhea a křeče břicha s klinicky významnou ztrátou tekutin, draslíku a dalších elektrolytů. Účinek léčiva může být snížen nebo mu lze zabránit v krátké době po použití, a to vyvoláním zvracení nebo výplachem žaludku. Při velké ztrátě vody a minerálních látek je nutné provést potřebná podpůrná opatření. Význam může mít v určitých případech podání spasmolytik.
Dále bylo informováno o ojedinělých případech kolonischemické nedostatečnosti, při níž bylo ale dávkování natrium pikosulfátu podstatně vyšší, než je pro léčení obstipace doporučeno.
Chronické předávkování může vést k chronickému průjmu, bolestem břicha, ztrátám draslíku, sekundárnímu hyperaldosteronismu a k tvorbě ledvinových kamenů. Ve spojení s chronickým nadužíváním laxativ bylo zaznamenáno poškození tkáně ledvin a hypokalemie, vedoucí až ke svalové slabosti.