Akutní toxicita Flupentixol má nízkou akutní toxicitu.
Chronická toxicita Ve studiích chronické toxicity se nevyskytly žádné nálezy, které by měly vliv na terapeutické užití flupentixolu.
Reprodukční toxicita Ve studiích reprodukční toxicity u potkanů flupentixol mírně ovlivňoval frekvenci březosti samic potkanů. Účinky byly pozorovány v dávkách vysoce převyšujících dávky podávané v klinickém užití. Studie reprodukční toxicity u myší, potkanů a králíků neprokázaly teratogenní účinky. Embryotoxické účinky, pokud jde o zvýšený počet postimplantačních ztrát/absorbcí nebo občasných potratů, byly pozorovány u potkanů a králíků v dávkách souvisejících s toxicitou u samic.
Kancerogenita Flupentixol nepůsobí kancerogenně.
Lokální toxicita Lokální snášenlivost je dobrá. Je možné pozorovat lokální poškození svalové tkáně po aplikaci neuroleptik ve vodném roztoku. Po intramuskulární injekci flupentixol-dekanoátu v olejovém roztoku králíkům se objevily mírné petechie a otok.