Při místní aplikaci - i při nepříznivých podmínkách (léze kůže, okluzivní obvaz) - nedochází k významnému systémovému působení.
Po nanesení určitých masťových základů dochází k výraznému poklesu koncentrace klotrimazolu v kůži, od epidermis (zejména stratum corneum, kde byly naměřeny koncentrace ve tkáni přibližně 1 mg/ml), přes korium (dermis, s tkáňovými koncentracemi 2 až 30 μg/ml) po podkoží (subkutis) (tkáňová koncentrace < 0,1 μg/ml). Tím se 6 hodin po aplikaci přípravku dosáhne dostatečných mikrobiálních koncentrací v pokožce nebo jsou tyto hodnoty překročeny.