Mechanismus účinku Terapeutický účinek Anafranilu je založen na jeho schopnosti inhibovat zpětné vychytávání noradrenalinu (NA) a serotoninu (5-HT) v synaptické štěrbině neuronu. Dominantní složkou této aktivity je inhibice zpětného vychytávání serotoninu (5-HT). Charakteristické pro Anafranil je také široké farmakologické spektrum působení (alfa1-adrenolytické, anticholinergní, antihistaminové a antiserotonergní [blokování 5-HT receptorů]).
Farmakodynamické účinky Anafranil působí na depresivní syndrom jako celek, především na příznaky, jako je psychomotorická retardace, depresivní nálady a úzkost. Klinická odpověď nastává obvykle za 2 až 3 týdny od začátku léčby. Anafranil má také specifický účinek u obsedantně kompulzivních poruch, který se liší od účinků antidepresivních. U chronické bolesti s nebo bez somatických příznaků účinkuje Anafranil převážně ovlivněním neurotransmise serotoninu a noradrenalinu.