Akutní toxicita Citalopram má nízkou akutní toxicitu.
Chronická toxicita Ve studiích chronické toxicity nebyly zaznamenány nálezy, které by měly vliv na terapeutické užití citalopramu.
Reprodukční toxicita Údaje získané v reprodukčních studiích (část I., II. a III.) nesvědčí pro nutnost zvláštních opatření při léčbě žen ve fertilním věku citalopramem. Citalopram se vylučuje do mateřského mléka v nízkých koncentracích.
Ve studiích embryotoxicity u laboratorních potkanů se vyskytly kostní anomálie v oblasti páteře a žeber při dávce 56 mg/kg/den způsobené mateřskou toxicitou. Plazmatická hladina u březích samic byla 2-3x vyšší než je plazmatická hladina u člověka. U potkanů neměl citalopram žádný vliv na plodnost, graviditu a postnatální vývoj, vyjma nižší porodní hmotnosti mláďat. Citalopram a jeho metabolity dosáhly fetálních koncentrací, které byly 10-15x vyšší než plazmatická hladina zjištěná u samic. Zkušenosti s užitím v klinické praxi u těhotných a kojících žen jsou omezené. Studie na zvířatech prokázaly, že citalopram způsobuje snížení indexu fertility a těhotenského indexu, snížení počtu implantací a abnormality spermií při hladinách vyšších, než jaké odpovídají expozici u lidí.
Mutagenita a kancerogenita Citalopram nepůsobí mutagenně ani kancerogenně.