Aciklovir v perorální lékové formě se užívá k léčbě infekcí kůže a sliznic vyvolaných herpes simplex virem, včetně primární a recidivující genitální herpetické infekce (mimo infekcí vyvolaných tímto virem u novorozenců a závažných infekcí vyvolaných tímto virem u imunokompromitovaných dětí). Aciklovir v perorální lékové formě se užívá k supresi recidivujících infekcí (prevence recidiv) vyvolaných herpes simplex virem u imunokompetentních pacientů. Aciklovir v perorální lékové formě se užívá k profylaxi infekcí vyvolaných herpes simplex virem u imunokompromitovaných pacientů. Aciklovir v perorální lékové formě se užívá k léčbě infekcí vyvolaných varicella zoster virem (plané neštovice) a herpes zoster virem (pásový opar). Studie prokázaly, že včasné zahájení léčby pásového oparu aciklovirem má pozitivní efekt na bolest a může snížit incidenci postherpetické neuralgie. Aciklovir je indikován k léčbě pacientů těžce imunokompromitovaných, zejména v pokročilém stadiu onemocnění HIV (CD4+ méně než 200/mm3, včetně pacientů s AIDS nebo těžké ARC) nebo po transplantaci kostní dřeně. Klinické studie prokázaly, že aciklovir podaný perorálně v kombinaci s jinou antivirovou terapií (hlavně s perorálním zidovudinem) snížil mortalitu u pacientů v pokročilém stadiu HIV onemocnění. Předchází-li jednoměsíční intravenózní terapie aciklovirem, dochází ke snížení mortality u pacientů po transplantací kostní dřeně. Perorální forma acikloviru navíc poskytuje efektivní profylaxi onemocnění herpetickými viry.