Dospělým, dospívajícím i dětem se Ophthalmo-Septonex aplikuje 3-5x denně do spojivkového vaku event. na kůži víček, maximálně po dobu 14 dnů. Při současné léčbě kapkami se mast obvykle používá na noc. Po aplikaci oční masti je vhodné nechat ošetřené oko 2-3 minuty zavřené, aby se léčivá látka mohla vstřebat. Při aplikaci více mastí je nutné mezi jejich podáním nechat interval nejméně 10 minut. Před prvním použitím se doporučuje vytlačit a odstranit asi 1 cm masti (z důvodu odstranění kapky olejového podílu vazelíny).