Glukagon je enzymaticky rozkládán v krevní plazmě a v orgánech, do kterých je distribuován. Hlavními místy clearance glukagonu jsou játra a ledviny, každý orgán přispívá do celkové metabolické clearance asi 30 %.
Eliminace
Glukagon má krátký poločas v krvi, jen kolem 3 – 6 minut. Rychlost metabolické clearance glukagonu u lidí je přibližně 10 ml/kg/min.