Citalopram má nízkou akutní toxicitu. Ve studiích chronické toxicity se nevyskytly žádné nálezy, které by měly vliv na terapeutické užití citalopramu.
Při studiích toxicity po opakované dávce u potkanů byla pozorována fosfolipidóza některých orgánů. Tento reverzibilní účinek je známý u některých lipofilních aminů a nebyl spojen s žádnými morfologickými ani funkčními změnami. Klinická závažnost tohoto zjištění není jasná.
Studie embryotoxicity u potkanů při vysokých dávkách ukázaly kostní anomálie. Tyto účinky mohou souviset s farmakologickou aktivitou nebo mohou být nepřímým důsledkem toxicity pro březí samici. Potenciální riziko pro člověka není známo.
Studie na zvířatech prokázaly, že citalopram způsobuje snížení indexu fertility a těhotenského indexu, snížení počtu implantací a abnormality spermií při hladinách vyšších, než jaké odpovídají expozici u lidí.