Chinin má za následek zvýšení sekrece inzulínu slinivkou břišní. Samotná infekce parazitem Plasmodiem spolu s podáváním chininu může, zejména u dětí a těhotných žen, podpořit nástup hypoglykémie, která musí být někdy upravena infuzí koncentrovaného roztoku glukózy. Obvyklé klinické příznaky hypoglykémie mohou být někdy maskovány zdravotními potížemi spojenými se samotným onemocněním a neurologické příznaky nelze odlišit od příznaků malárie. Proto se během léčby doporučuje sledovat hladinu glukózy v krvi. Vznik závažné hemolýzy během léčby se projevuje žlučovou hemoglobinurickou horečkou, jejíž nástup musí vést k přerušení léčby chininem. Kromě toho mohou léky obsahující chinin způsobit akutní hemolýzu u některých lidí s deficitem enzymu G6PD specifických genotypů. Výskyt hemolýzy, který by nešlo vysvětlit záchvatem malárie, by měl poukázat na možnost deficitu G6PD. Během aplikace injekce se doporučuje sledovat srdeční frekvenci a krevní tlak. Při vzniku arytmie je nutné zpomalit rychlost infuze.