Akutní toxicita Při podávání famotidinu myším a potkanům obou pohlaví v jednorázových dávkách do 8 000 mg/kg hmotnosti orální formou se neobjevily letální příznaky. Letální intravenózní dávka famotidinu pro oba druhy je od 434 do 563 mg/kg. Letální intraperitoneální a podkožní dávka je pro oba druhy 800 mg/kg a více.
Subchronická toxicita Při opakovaném 14denním podávání famotidinu samcům i samicím myší a potkanů v jednotlivé dávce mg/kg a 9 mg/kg denně nebyly pozorovány závažné změny morfologických, histologických, biochemických a hematologických parametrů, které by bylo možno dát do příčinné souvislosti s testovanou látkou.
6měsíční toxikologická studie na potkanech K pokusu bylo použito 120 laboratorních potkanů (60 samců a 60 samic) kmene Wistar, stáří 7–týdnů. Famotidin byl podáván perorálně ve formě vodné suspenze po dobu 26 týdnů v dávkách 50 mg/kg, 500 mg/kg a 1 000 mg/kg hmotnosti zvířete. Nebyly zjištěny odchylky v chování ani projevech klinického stavu. Hematologické vyšetření neprokázalo změny, které by souvisely s množstvím a dobou podávání testované látky. Biochemická vyšetření krevního séra, hmotnost orgánů a patologicko-morfologická vyšetření neprokázala toxické působení famotidinu. Podle dostupné literatury nebyly prokázány žádné účinky teratogenní, mutagenní nebo kancerogenní.