Podávání emtricitabinu až do dávky 1 200 mg je spojeno s nežádoucími účinky uvedenými výše bod 4.8 Pokud dojde k předávkování, mají být u pacienta sledovány příznaky toxicity a v případě potřeby zahájena standardní podpůrná léčba.
Až 30 % dávky emtricitabinu může být odstraněno hemodialýzou. Není známo, zda může být emtricitabin odstraněn peritoneální dialýzou.