S ohledem na mechanismus účinku působí topotekan genotoxicky in vitro na savčí buňky myšího lymfomu a lidské lymfocyty apotkanů a u králíků embryo-fetální letalitu. Ve studiích reprodukční toxicity topotekanu provedených na potkanech nebylo zaznamenáno žádné ovlivnění samčí ani samičí fertility; u samic však byla pozorována častější ovulace a mírně zvýšené preimplantační ztráty. Kancerogenní účinek topotekanu nebyl studován.