Po podání jedné dávky perorální cestou byla zjištěna akutní toxicita (LD50) u myší vyšší než 800 mg/kg a u potkanů vyšší než 400 mg/kg. Zkoušky na toxicitu prováděné na psech při opakovaném dávkování do 200 mg/den po dobu 12 měsíců nezaznamenaly žádné toxické účinky. Výsledky studií na akutní, subakutní a chronickou toxicitu ukazují, že systémové účinky budesonidu, tj. snížený přírůstek tělesné hmotnosti a atrofie lymfoidní tkáně a kůry nadledvin, jsou menší nebo podobné ve srovnání s jinými glukokortikoidy. Budesonid hodnocený šesti různými testy neměl mutagenní ani klastogenní účinky. Zvýšená incidence mozkových gliomů u samců potkanů ve studii na karcinogenitu nebyla potvrzena opakovanou studií, ve které se nelišila ve skupinách s aktivní léčbou (budesonid, prednisolon, triamcinolon acetonid) a kontrolních skupinách. Změny v jaterním parenchymu (primární hepatocelulární karcinom) zjištěné u samců potkanů v původní studii na kancerogenitu byly zjištěny i v opakované studii u budesonidu a referenčních glukokortikoidů. Tato účinky mají pravděpodobně vztah k receptorové interakci a představují skupinový účinek. Dostupné klinické zkušenosti ukazují, že neexistují praktické důvody se domnívat, že budesonid nebo jiné glukokortikoidy indukují vznik mozkových gliomů či primárního hepatocelulárního karcinomu u lidí.