Bisakodyl je hydrolyzován enzymy ve sliznici tenkého střeva na desacetyl bisacodyl, který se vstřebává a vylučuje do žluči ve formě glukuronidu. Účinná forma – volný difenol – vzniká bakteriálním štěpením v tlustém střevě. Enterohepatální oběh vysvětluje rychlejší nástup účinku při podání per rectum. Bisakodyl je vylučován stolicí hlavně jako desacetyl bisacodyl, v malém množství ledvinami jako glukuronid. Informace o plazmatických hladinách a vazbě na plazmatické proteiny nejsou k dispozici.