Dosud nejsou žádné zkušenosti s lokálním použitím metronidazolu v těhotenství. Při perorálním podání prochází metronidazol placentou a rychle vstupuje do krevního oběhu plodu. U myší a u potkanů však nebyla pozorována po perorálním podání metronidazolu fetotoxicita. Protože však reprodukční studie na zvířatech nedokáží vždy předpovědět reakci u člověka a protože se prokázalo, že je perorálně podávaný metronidazol pro některé hlodavce kancerogenní, tato léčivá látka může být v těhotenství používána, pouze pokud je to nezbytné.
Metronidazol se po perorálním podání vylučuje do mateřského mléka v koncentracích podobných plazmatickým koncentracím. Ačkoli jsou hladiny metronidazolu v krvi po kožním podání významně nižší než při perorálním podání, po zvážení významu léčby pro matku je nutno rozhodnout, zda přerušit kojení nebo léčbu.