Benzylpenicilin je antibiotikum s velmi nízkou toxicitou. LD50 u myší a potkanů je vyšší než 5000 mg/ kg, co je možno považovat prakticky za netoxičnost. Nepřímá toxicita: po podání vysokých dávek draselné soli benzylpenicilinu může u pacientů se sníženou funkcí ledvin dojít ke kumulativní otravě draslíkem. Jiným projevem nepřímé toxicity jsou změny normální bakteriální flóry s přemnožením penicilinrezistentní flóry a projevy superinfekce.