Žádné příznaky předávkování u člověka nejsou známy. Dávky do 240 mg aplikované intravenózně po dobu dvou minut byly velmi dobře tolerovány. Jelikož se pantoprazol výrazně váže na proteiny, není jednoduché ho dialyzovat. V případě předávkování s klinickými známkami intoxikace neexistují žádná specifická terapeutická doporučení kromě symptomatické a podpůrné léčby.