Studie na toxicitu při opakovaném nasálním podávání na psech neodhalily žádné zvláštní riziko pro člověka. In vitro test mutagenity při použití baktérií ukázal negativní výsledky. Data o kancerogenitě nejsou k dispozici. Žádné teratogenní účinky nebyly pozorovány na potkanech a králících.
Dávky vyšší než terapeutické byly embryo-letální či vedly k redukovanému růstu plodu. U potkanů bylo redukováno množství mateřského mléka. Nebyly zjištěny známky poruch fertility.
V preklinických studiích nebylo zjištěno, že by benzalkonium-chlorid (v závislosti na koncentraci a času) mohl působit inhibičně na ciliární motilitu až k ireverzibilnímu ochabnutí stejně jako histopatologické změny nosní sliznice.