Bezpečnost použití fentanylu během těhotenství nebyla stanovena. Studie na zvířatech prokázaly reprodukční toxicitu s porušením fertility u potkanů (viz bod 5.3). Potenciální riziko pro člověka není známé. Fentanyl se nemá během těhotenství podávat, pokud to není nezbytně nutné.
Dlouhodobá léčba během těhotenství může způsobit abstinenční příznaky u novorozence.
Fentanyl se nepoužívá během porodu (ani císařským řezem), protože prochází placentou a může způsobit respirační depresi u plodu či novorozence.
Kojení Fentanyl přechází do mateřského mléka a u kojeného dítěte může působit sedativně nebo vyvolat respirační depresi. Kojící ženy nemají fentanyl užívat a kojení se má znovu zahájit nejdříve 5 dní po posledním podání fentanylu.