Magnesium se po p.o. podání hořečnatých sloučenin absorbuje velmi omezeně; u pacientů s poruchou renálních funkcí však může snížené vylučování hořčíku ledvinami způsobit kumulaci hořčíku a intoxikaci. Dlouhodobé podávání vysokých dávek přípravku Magnesium/vitamin C Pharmavit může vyvolat tvorbu ledvinových kamenů z kalcium-magnesium-amonium-fosfátu (struvitu). Při dlouhodobém podávání vyšších dávek je třeba monitorovat magnesémii. Po náhlém vysazení dlouhodobějšího podávání askorbové kyseliny ve vyšších dávkách (více než 5 tablet přípravku Magnesium/vitamin C Pharmavit denně) může přetrvávat zvýšené vylučování askorbové kyseliny ledvinami a může se vyvinout hypovitaminóza C. Dávky se proto snižují pozvolna.
Přípravek obsahuje sacharózu. Pacienti se vzácnými dědičnými problémy s intolerancí fruktózy, malabsorpcí glukózy a galaktózy nebo sacharázo-izomaltázové deficienci nemají tento přípravek užívat. Přípravek také obsahuje červené barvivo amarant E123, které může způsobit alergické reakce. Tento přípravek obsahuje 198,7 mg sodíku v jedné dávce. Nutno vzít v úvahu u pacientů na dietě s nízkým obsahem sodíku.