Subchronická a chronická toxicita ibuprofenu se ve studiích na zvířatech projevila především ve formě lézí a ulcerací v gastrointestinálním traktu. In vitro a in vivo studie neposkytly žádné klinicky relevantní důkazy mutagenního potenciálu ibuprofenu. Ve studiích na potkanech a myších nebyly zjištěny žádné důkazy kancerogenních účinků ibuprofenu.
Ibuprofen inhiboval ovulaci u králíků a narušoval implantaci u různých druhů zvířat (králík, potkan, myš). Experimentální studie na potkanech a králících ukázaly, že ibuprofen prochází přes placentu. Po podání dávek toxických pro matku došlo ke zvýšení incidence malformací (defekty septa komor) u potomků potkanů.