Absorpce Systémová absorpce ekonazolu je po vaginální aplikaci extrémně nízká. Po vaginální aplikaci ekonazol-nitrátu v krému se absorbovalo asi 5 až 7 % dávky. Střední hodnota maximálních koncentrací ekonazolu a(nebo) jeho metabolitů v plazmě/séru byly pozorovány 1 až 2 dny po podání dávky a činily přibližně 20 až 40 ng/ml u krému, 15 ng/ml u 50mg vaginálních kuliček, 65 ng/ml u 150 mg vaginálních kuliček.
Distribuce Ekonazol a jeho metabolity jsou v systémovém oběhu extenzivně vázány (98 %) na sérové proteiny.
Biotransformace Ekonazol, který vstoupí do systémového oběhu, je extenzivně metabolizován oxidací imidazolového kruhu, po níž následuje O-dealkylace a glukuronidace.
Eliminace Ekonazol a jeho metabolity se vylučují do moči a stolice.