Ekonazol je známý inhibitor CYP3A4/2C9. Vzhledem k omezené systémové dostupnosti po vaginální aplikaci (viz. bod 5.2) je výskyt klinicky relevantních interakcí nepravděpodobný, byly však hlášeny u perorálních antikoagulancií. U pacientek užívajících perorální antikoagulancia, jako např. warfarin nebo acenokumarol, je zapotřebí zvýšené opatrnosti a monitorování antikoagulačního účinku.
Je zapotřebí zamezit kontaktu mezi latexovými produkty jako jsou např. antikoncepční pesary nebo kondomy a přípravkem GYNO-PEVARYL, protože složky krému a vaginálních kuliček GYNO- PEVARYL mohou narušit latex. Pacienti používající spermicidní antikoncepční prostředky se mají poradit se svým lékařem, protože jakákoli lokální léčba může inaktivovat spermicidní antikoncepční prostředky (viz bod 4.4).
U pacientů senzitivních k imidazolům byla rovněž popsána senzitivita k ekonazol-nitrátu.
GYNO-PEVARYL nelze použít v kombinaci s jinou interní nebo externí léčbou genitálií.